Der gebürtige Münsteraner ging nach Abitur und Wehrdienst zum Studium nach Freiburg. Nachdem er das erste und zweite juristische Staatsexamen und seine Promotion zum Urheberrecht bei der Musik- und Filmproduktion erfolgreich abgelegt hatte, war er kurze Zeit als Referent bei einer öffentlich-rechtlichen Anstalt angestellt. Anschließend begann Stefan Ernst seine Arbeit als Rechtsanwalt. Seit fast 25 Jahren hat er eine eigene Kanzlei in Freiburg mit den Schwerpunkten Wettbewerbs-, Marken-, Urheber- und Computerrecht.

Weil Stefan Ernst allerdings die Kombination aus Praxis, Wissenschaft und Lehre sehr schätzt, hat er neben seiner Arbeit als Rechtsanwalt stets Lehrtätigkeiten übernommen. So kam er 1999 als Lehrbeauftragter an die Hochschule Offenburg – zunächst für Wirtschafts- und Arbeitsrecht, heute für Medien- und IT-Recht. 2009 wurde er aufgrund seines Engagements über die Lehre hinaus zum Honorarprofessor ernannt.

Darüber hinaus ist Stefan Ernst aktiv in mehreren juristischen wissenschaftlichen Vereinigungen und diversen Fachausschüssen zum Urheber- und Computerrecht. Er ist ständiger Mitarbeiter, Beirat beziehungsweise Mitherausgeber einer Reihe juristischer Fachzeitschriften insbesondere zum Computerrecht. Gelegentliche wird er als Sachverständiger angehört, zum Beispiel im Workshop „Multimedia und Verbraucherschutz“ beim Deutschen Bundestag (1998), zu Fragen des IT-Sicherheit-Rechts beim Bundesamt für Sicherheit in der Informationstechnik (2008) und beim Sachverständigenrat für Verbraucherfragen beim Bundesministerium der Justiz (2016). Zwischendurch war er zwei Jahre lang stellvertretender Aufsichtsratsvorsitzender eines mittelständischen IT-Dienstleisters.